Izba Celna w Toruniu działa od 1 maja 2002 roku. Powstała na skutek przekształcenia Urzędu Celnego w Toruniu, po reorganizacji służby celnej. Funkcjonuje w granicach województwa kujawsko - pomorskiego.

W ramach Izby Celnej w Toruniu działają dwa urzędy celne: w Toruniu i w Bydgoszczy, którym podlegają oddziały celne, zajmujące się bieżącą obsługą firm, przedsiębiorstw i osób. I tak Urzędowi Celnemu w Toruniu podlega oddział celny we Włocławku, Grudziądzu i w Brodnicy, a Urzędowi Celnemu w Bydgoszczy 2 oddziały celne w Bydgoszczy, 1 w Świeciu i 1 w Inowrocławiu.

Do zadań Izby Celnej jako organu administracji państwowej należy realizacja polityki celnej państwa, w tym kontrola przestrzegania całokształtu ustawodawstwa celnego przez uczestników obrotu towarowego z zagranicą i ściganie tych wszystkich, którzy nie przestrzegają porządku prawnego w tym zakresie oraz rozstrzyganie w ich indywidualnych sprawach z zakresu cła w I jak i II instancji.

Od dnia 1 maja 2002 r. administracja celna działa w nowych strukturach organizacyjnych. Zadania Prezesa Głównego Urzędu Ceł przejął Minister właściwy do spraw finansów publicznych oraz regionalne struktury Służby Celnej tj. 17 izb celnych oraz 67 urzędów celnych.